Jepun mula menakluki Tanah Melayu pada 13 Februari 1942 sehingga 15 ogos 1945. Kezaliman sewaktu memerintah adalah pahit. Jepun berjaya menakluki Tanah Melayu telah mendapat sokongan daripada anak negeri yang terperangkap dengan janji-janji kemerdekaan yang telah dijanjikan. Jepun juga turut menghampakan harapan mereka yang terperangkap dengan janji-janji Jepun untuk memberikan kemerdekaan dengan semboyannya "Asia untuk Orang Asia". Kekerasan berlaku. Mereka yang disyaki menentang Jepun akan dibunuh. Akibat kezaliman Jepun itu, semangat cinta akan tanah air telah dipupuk. Jepun mengalami pembangunan yang pesat pada zaman pemerintahan Meiji. Jepun berjaya menguasai Korea pada tahun 1910 dan menakluk seluruh Manchuria pada tahun 1931. Jepun telah menyertai Pakatan Axis bersama dengan Itali dan Jerman apabila Peran Dunia Kedua meletus. Pada 7 Disember 1941, Jepun menyerang Pelabuhan Pearl, Hawaii dan serangan ini telah mencetuskan Perang Pasifik.Jepun berjaya menakluki seluruh Tanah Melayu pada 31 Januari 1941 dan manakluki Singapura pada 15 Februari 1941. Pulau Pinang ditawan pada 17 Disember 1940 manakala Kuala Lumpur ditawan pada 11 Januari 1941. Jepun mendapatkan bantuan daripada negara Thai untuk menawan pantai barat Semenanjung Tanah Melayu. Di bawah Jeneral Tomoyuki Yamashita, Singapura diserang dan ditawan setelah Leftenan Jeneral Percival menyerah kalah.Pada Zaman Pendudukan Jepun, rakyat hidup dalam sengsaraan. Kezaliman dan kekejaman yang dilakukan oleh Kempetai amat ditakutkan. Kempetai merupakan unit polis yang menangkap sesiapa yang disyaki menentang Jepun. Banyak masalah sosial juga ditimbulkan. Ekonomi merosot, ramai yang mati kebuluran, hsil pertanian dirampas, bilangan pengangguran semakin meningkat, ubat-ubatan tidak cukup menyebabkan ramai yang mati kerana penyakit. Orang Cina yang menghantar bantuan kepada negara China apabila Perang Jepun dengan China ditangkap dan dibunuh dengan penuh kezaliman. Memaksa rakyat membina Kereta api Maut di negara Thai. Dasar penjepunan diperkenalkan, sekolah-sekolah diganti dengan sekolah Jepun, bahasa Nippon-go digunakan, Kamigayo iaitu lagu kebangsaan Jepun dinyanyikan, tulisan Jepun ditulis. Perbuatan tersebut menyebabkan kelahiran MPAJA iaitu Tentera Anti Jepun Tanah Melayu, Force 136, Gerila Kinabalu dan lain-lain gerakan yang menentang Jepun. Akhirnya, Jepun menyerah kalah tanpa syarat setelah Hiromshima dan Nagasaki dibomkan. Walaupun Jepun telah menyerah kalah kepada tentera Berikat, tetapi banyak kesan-kesan positif malah negetif diwujudkan. Antaranya, Zaman Pendudukan Jepun itu telah membangkitkan semangat patriotik di kalangan rakyat tetapi masalah perpaduan telah diwujudkan serta masyarakat menjadi kucar-kacir. Ramai yang mati akibat kelaparan dan dijangkiti penyakit.Setelah Jepun menyerah kalah, MPAJA mengambil peluang untuk membalas dendam terhadap sesiapa yang dianggap bersubahat dengan Jepun. Untuk memulihkan ketenteraman Tanah Melayu kerajaan sementara ditubuhkan iaitu PTB atau Pentadbiran Tentera British. PTB telah dibubarkan pada 1 Mac 1946 dan diganti dengan Malayan Union yang ditentang hebat.Harold MacMichael dilantik untuk mendapatkan persetujuan daripada raja-raja Melayu mengenai rancangan penubuhan Malayan Union. Pada 1 April 1946, Malayan Union diisytiharkan secara rasmi walaupun raja-raja Melayu memulau majlis perasmian. Malayan Union dilaksanakan untuk melicinkan pentadbiran di samping membangunkan ekonomi yang merosot di Tanah Melayu. Malayan Union ditentang disebabkan kedudukan sultan-sultan tergugat, ugutan yang digunakan oleh MacMichael, rancangan itu tidak diundang terlebih dahulu dan prinsip jos soli digunakan tidak memuaskan. Selain ditentang daripada orang Melayu, ada juga pegawai British yang menentang Malayan Union. Walau bagaimanapun, Malayan Union tetap diisytiharkan. Ini menyebabkan menubuhan UMNO yang tujuannya untuk menentang Malayan Union.Satu kongres Melayu yang menyatukan semua pertubuhan Melayu di Tanah Melayu diadakan pada 1 hingga 4 Mac 1946 atas cadangan Dato' Onn bin Jaafar. Dalam mesyuarat ketiga Kongres Melayu Se-Malaya itu, keputuisan dicapai untuk menubuhkan sebuah perti politik iaitu UMNO. UMNO secara rasminya ditubuh pada 11 Mei 1946 dan melantik Dato' Onn bin Jaafar sebagai president pertama. Penentangan Malayan Union telah mencapai kejayaan dan Malayan union ditukar kepada Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1948. Semboyan kata UMNO "Hidup Melayu" ditukar menjadi "Merdeka" selepas berjaya menentang Malayan Union.Tentangan yang hebat daripada UMNO terhadap Malayan Union berjaya memaksa British membubarkan Malayan Union. Untuk mengelakkan kekacauan berlaku, British mengadakan perjumpaan dengan UMONO dan Raja-raja Melayu. Pada bulan Julai 1946, suatu jawatankuasa ditubuhkan iaitu Jawatankuasa Kerja untuk menggubal satu perlembagaan baru. Hasilnya, suatu perlembagaan yang baru dipanggil sebagai Persekutuan Tanah Melayu. Perlembagaan tersebut telah ditentang oleh AMCJA yang merupakan persatuan bukan Melayu dan PUTERA iaitu sebuah pertubuhan orang Melayu. Melalui AMCJA dan PUTERA, suatu Perlembagaan Rakyat digubal tetapi ditolak oleh British. Gambar tersebut menunjukkan pasukan-pasukan keselamatan sedang dalam operasi menentang komunis.Parti Kuomintang dari China memainkan peranan yang penting untuk menyebarkan perfahaman komunis ke Tanah Melayu. Cawangan Kuomintang di Tanah Melayu diharamkan oleh British. Walau bagaimanapun, golongan komunis di Tanah Melayu menubuhkan Parti Komunis Nanyang tetapi diharamkan pada tahun 1930 kemudian menubuhkan pula Parti Komunis Malaya. Tujuan penubuhan PKM adalah untuk menghalau British keluar dari Tanah Melayu dan menubuhkan Republik Komunis. Semasa pemerintahan Jepun PKM menubuhkan MPAJA untuk menentang Jepun. MPAJA mendapat sokongan daripada orang Cina. Selepas Jepun menyerah kalah, PKM keluar dari hutan untuk bermaharaja. PKM telah menubuhkan banyak pertubuhan seperti Min Yuen, MRLA dan sebagainya demi mencapai matlamatnya. PKM membunuh 3 orang bangsa Eropah di Sungai Siput pada 15 Jun 1948. Ini menyebabkan darurat diisytiharkan oleh Edward Gent pada 19 Jun 1948 dan PKM diharamkan.Pelbagai langkah diambil untuk menentang komunis. Undang-undang darurat dikemukakan, kad pengenalan diperkenalkan, rancangan-rancangan seperti Rancangan Briggs dan Rancangan Templer juga dilaksanakan. Menjelang tahun 1960, ancaman komunis dapat dikawal. Pada 31 Julai 1960, Tunku Abdul Rahman mengisytiharkan tamatnya 12 tahun darurat.
